Christianskirken er bygget på et af de højeste punkter i Sønderborg – helt som man gjorde tidligere. Byens styre afsatte en grund til formålet, og under 2. verdenskrig indledte man med at anlægge en kirkegård på stedet, da midtbyens ikke kunne rumme flere begravelser. 

En arkitektkonkurrence blev udskrevet, og valget faldt på Kaare Klint, søn af arkitekten bag Fredens Kirke i Odense, Grundtvigskirken i København og flere andre.

Som sin far tegnede Kaare Klint ”sine” kirker, så de i stilen mindede om de gamle landsbykirker med takkede kamtavler; lavet i en stil som hedder gotik, og derfor kalder man Klint'ernes stil "klint-gotik", hvis man gerne vil give det et navn.

De ville begge også helst bygge med gule mursten, og derfor er Christianskirken også lavet i gule sten.

Kaare Klints søn, Esben Klint, fortsatte loyalt sin fars værk i forbindelse med første etape (1957) og udvidelsen (1973), men nåede ikke selv at se kirken færdig.

Mogens Meyling, Sønderborg-arkitekten som overtog efter Klint’erne, ville også gerne sætte sit præg på kirken, selv om den skulle bygges efter Kaare Klints tegninger. Derfor kan man se forskel på gavlene på kirken, hvis man ser op mod himlen, når man står på sydsiden eller nordsiden af kirken. Sidste del af det som er bygget på kirken har nemlig ingen kamtakker. Hverken i siderne eller i korets apsis.